หลังจากประชาชนโดยกลุ่มเรารักศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ( หลังเดิม ) ได้ออกมาคัดค้านการก่อสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช หลังใหม่ เนื่องจากบดบังศาลเดิมและมีการก่อสร้างทับโบราณสถานภายในพระราชวังจันทน์ กองทัพภาคที่ 3 ได้แถลงข้อเท็จจริงก่อสร้างเป็นศาลหลังใหม่ให้เป็นที่รองรับผู้มาสักการะสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ได้สะดวกมายิ่งขึ้น โดยได้รับการอนุมัติจากกรมศิลปากร การก่อสร้างโครงสร้างเรียบร้อยแล้ว เหลืองานตกแต่งที่ได้งบประมาณจากจังหวัด ควบคุมการก่อสร้างต่อโดยกรมศิลปากร ยืนยันอนุรักษ์อาคารหลังเดิมไว้ พร้อมปรับปรุงให้สอดคล้องอาคารหลังใหม่ 
เมื่อเวลา 10.30 น.วันที่ 21 มิถุนายน 2561 ที่กองบัญชาการกองทัพภาคที่ ๓ ค่ายสมเด็จพระนเรศวรมหาราช อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก พลตรี สุภโชค ธวัชพีระชัย รองแม่ทัพภาคที่ 3 พร้อมด้วย นายไพบูลย์ ณ บุตรจอม รองผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลก ร่วมกัน ชี้แจงข้อเท็จจริงการก่อสร้างศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช เนื่องจากกำลังเป็นกระแสที่ประชาชนชาวพิษณุโลกให้ความสนใจ เพราะมีประชาชนโดยกลุ่มเรารักษ์ศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ( หลังเดิม ) ออกมาคัดค้านไม่เห็นด้วยกับการก่อสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช
โดย พลตรี สุภโชค ธวัชพีระชัย รองแม่ทัพภาคที่ 3 ได้ชี้แจงว่า การอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่พระราชวังจันทน์ได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ปี พ.ศ.2553 ต่อมาได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการอำนวยการกำกับดูแลการอนุรักษ์และพัฒนาพระราชวังจันทน์ และศูนย์ประวัติศาสตร์พระราชวังจันทน์ ประกอบด้วย ทุกภาคส่วนทั้งภาครัฐและเอกชน ได้แก่ ผู้แทนกองทัพภาคที่ 3 / มูลนิธิเย็นศิระเพราะพระบริบาล กรมศิลปากร บริษัท ปตท.สำรวจและผลิตปิโตรเลียม จำกัด (มหาชน) องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ศิษย์เก่าโรงเรียนพิษณุโลกพิทยาคม และหน่วยงานอื่นๆ เพื่อจัดทำแผนแม่บทในการพัฒนาพระราชวังจันทน์ ได้กำหนดแผนงานโครงการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ จำนวน 13 แผนงาน
สำหรับการสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (หลังใหม่) เป็น 1 ใน 13 แผนงาน โดยมีแนวความคิดจะทำการก่อสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (หลังใหม่) ที่มีความสวยงาม มีสิ่งอำนวยความสะดวก ให้กับผู้ที่มาสักการะได้ ทุกเพศทุกวัย รวมถึงผู้พิการ เนื่องจากศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (หลังเดิม ) มีพื้นที่สักการะน้อยคับแคบ ซึ่งในแผนงานนั้น ไม่มีการรื้อศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช (หลังเดิม) พร้อมทั้งการปรับภูมิทัศน์ได้ออกแบบให้มีความสอดคล้องสวยงามกัน
โดยเมื่อวันที่ 2 เม.ย. 2558 ได้เปิดโครงการและจัดทำประชามติ สอบถามความคิดเห็นจากประชาชนช่วงอายุ 15-51 ปี ขึ้นไป ในพื้นที่จังหวัดพิษณุโลก เห็นควรให้ดำเนินการสร้างและพัฒนา เพื่อจะได้เป็นแหล่งท่องเที่ยวและเป็นแหล่งข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่สำคัญของประเทศ โดยขอให้ปรับปรุงภูมิทัศน์ให้ร่มรื่นมากขึ้น ขอให้มีลานจอดรถที่เพียงพอ มีแสงสว่างที่เพียงพอสำหรับการจัดกิจกรรมในเวลากลางคืน ซึ่งนอกจากจะทำให้มีความสะดวกมากขึ้นแล้วยังทำให้เกิดความสง่างามมากขึ้นด้วย อีกทั้งขอให้ออกแบบอาคารแบบย้อนยุค และ เมื่อดำเนินการสร้างเสร็จเรียบร้อยแล้ว ขอให้มีผู้ที่รับผิดชอบสถานที่อย่างชัดเจน
จากนั้น คณะกรรมการฯจึงได้มีหนังสือถึงกรมศิลปากรเพื่อเข้าดำเนินการ ซึ่งกรมศิลปากรมีหนังสือตอบกลับให้ดำเนินการได้ โดยมีเงื่อนไขว่า หากคณะกรรมการมีความประสงค์จะก่อสร้างอาคารใหม่ อนุญาตให้ก่อสร้างได้โดยให้อยู่ในพื้นที่ขอบเขตลานปูนที่มีอยู่เดิม และจัดส่งรูปแบบรายการให้กรมศิลปากรพิจารณาอนุญาตอีกครั้ง ซึ่งทางคณะกรรมการฯ ได้เสนอแบบการก่อสร้างไปยังกรมศิลปากร และมีการปรับแก้รูปแบบมาโดยตลอด ทั้งการตัดส่วนยอดพระปรางค์ออก การปรับแบบที่ยื่นออกไปเกินลานปูนเดิม จนกระทั่งทางกรมศิลปากรมีหนังสืออนุญาตให้เข้าดำเนินการก่อสร้างในพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ได้ อนุมัติแบบก่อสร้างเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2560
ปัจจุบันโครงสร้างหลักของศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ในส่วนที่ กองทัพภาคที่ 3 ได้ดำเนินการจากงบบริจาค และจำหน่ายวัตถุมงคล ได้ก่อสร้างเสร็จเรียบร้อย วงเงินประมาณ 40 ล้านบาท อีกส่วนหนึ่งคือสำหรับงานประดับตกแต่งศาลสมเด็จพระนเรศวรมหาราช โดยใช้งบประมาณตามแผนงานบูรณาการเสริมสร้างความเข้มแข็งและยั่งยืนให้กับเศรษฐกิจภายในประเทศ โครงการพัฒนาศักยภาพท่องเที่ยวและบริการแบบบูรณาการ เป็นการดำเนินการของจังหวัดพิษณุโลก โดยกรมศิลปากร (สำนักศิลปากรที่ 6 สุโขทัย) เป็นผู้รับผิดชอบ งบประมาณประมาณ 55 ล้านบาท ขณะนี้อยู่ระหว่างดำเนินการ โดยได้ผู้รับเหมาแล้ว แต่อยู่ระหว่างการปรับแบบโดยกรมศิลปากร
หลังจากก่อสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสร็จแล้ว จะอัญเชิญพระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระนเรศวรมหาราชในศาลหลังเดิม มาประดิษฐาน ณ อาคารพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช โดยศาลหลังเดิมยังคงอนุรักษ์ไว้ พร้อมกับจะมีการออกแบบการเชื่อมต่อระหว่างศาลหลังเดิมกับพระตำหนักหลังใหม่ จะมีออกแบบสถาปัตยกรรมให้สอดคล้องกันโดยกรมศิลปากร
สำหรับการดูแลหลังจากนี้ มูลนิธิพระราชวังจันทน์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ซึ่งได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2558 เพื่อให้มีองค์กรจัดหาทุนทรัพย์สำหรับการกุศล รวมถึงสนับสนุนโครงการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานพระราชวังจันทน์ อันเป็นสาธารณประโยชน์ต่อส่วนรวม อีกทั้งพื้นที่พระราชวังจันทน์อยู่ในเขตปกครองของจังหวัดพิษณุโลก มีการใช้งบประมาณของจังหวัดในการปรับปรุง และให้เป็นประโยชน์แก่ประชาชนชาวพิษณุโลก ในการประชุมคณะกรรมการมูลนิธิพระราชวังจันทน์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เมื่อวันที่ 24 เมษายน 2561 ได้มีมติ ให้จังหวัดพิษณุโลกเป็นหน่วยงานรับผิดชอบ โดยมีผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลก เป็นประธานกรรมการมูลนิธิ โดยตำแหน่ง
//////////////