วันที่ 13 มกราคม 2559 ประชาคมชาวมหาวิทยาลัยนเรศวร อ.เมืองพิษณุโลก ได้มีการตั้งคำถามถึงกระบวนการสรรหาอธิการบดีคนใหม่กันอย่างมาก โดยเฉพาะทางสื่อโซเซี่ยลมีเดีย มีการตั้งเพจ จับตาสรรหาอธิการบม.นเรศวร 60 ซึ่งนำการเขียนอธิยายเรื่องราวที่มาที่ไปต่าง ๆ จนนำมาสู่กระบวนการสรรหาครั้งใหม่ล่าสุด ที่สภามหาวิทยาลัยนเรศวร กำหนดให้มีการประชุมสภามหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อสรรหาอธิการบดีคนใหม่ แทนศ.ดร.สุจินต์ จินายน ที่จะครบวาระในวันที่ 19 มกราคม 2560 นี้ ขณะที่หนึ่งในผู้ที่ได้รับการสรรหาเข้ามาในรอบสุดท้าย 3 คน จากกระบวนการสรรหารอบแรก ก็ได้ดำเนินการฟ้องต่อศาลปกครองพิษณุโลก เพื่อให้ขอคุ้มครองชั่วคราวระงับกระบวนการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวรในวันที่ 14 มกราคมนี้
กระบวนการสรรหาม.นเรศวร ครั้งนี้เป็นรอบที่สองแล้ว หลังจากปี 2559 ได้เริ่มดำเนินการสรรหารอบแรก คณะกรรมการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวร ได้นำ 3 รายชื่อ ผู้ที่เหมาะสม นำเสนอสภามหาวิทยาลัยพิจารณา แต่สภาฯ ไม่สามารถพิจารณาได้ เนื่องจากการลงคะแนนของสภา ไม่มีผู้ที่ได้เสียงเกินกึ่งหนึ่งของสภา จึงเริ่มต้นกระบวนการสรรหาใหม่อีกรอบ ในกลางปี 2559 มีผู้ที่สมัคร และเสนอชื่อ ให้คณะกรรมการสรรหารอบใหม่พิจารณา 11 ราย และคณะกรรมการสรรหาได้พิจารณาเลือกเหลือ 3 ราย เพื่อเสนอให้สภามหาวิทยาลัยพิจารณา ได้แก่ ศ.ดร.รัตนะ บัวสนธ์ ศ.ดร.ดิเรก ปัทมศิริวัฒน์ และศ.ดร.สมยศ พลับเที่ยง แต่ปรากฏว่า ก่อนที่จะถึงกระบวนการแสดงวิสัยทัศน์ของ 3 ราย ในวันที่ 8 มกราคม 2560 กระบวนการสรรหาครั้งนี้ต้องยกเลิกไป
สภามหาวิทยาลัยม.นเรศวร ได้ออกประกาศเรื่องชี้แจงผลการกระชุมสภามหาวิทยาลัย เกี่ยวกับการสรรหาผู้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทาลัยนเรศวร ทางเว็ปไซด์มหาวิทยาลัยนเรศวร ระบุว่า ด้วยสภามหาวิทยาลัยนม.นเรศวรได้ประชุมไปเมื่อวันที่ 8 มกราคม 2560 เพื่อพิจารณาผู้สมควรดำรงตำแหน่งอธิการบดีม.นเรศวร ตามที่คณะกรรมการสรรหาม.นเรศวร ได้เสนอชื่อผู้สมควรดำรงตำแหน่งจำนวน 3 ราย ให้สภามหาวิทยาลัยพิจารณานั้น กรรมการสภามหาวิทยาลัยได้พิจารณาข้อมูลจากประธานกรรมการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวรแล้วพบว่า การให้คะแนนเพื่อเลือกผู้สมควรได้รับการเสนอชื่อเป็นอธิการบดีม.นเรศวรทั้ง 11 รายนั้น มีการลงคะแนนไม่ปกติจากกรรมการสรรหาฯ กรรมการสภามหาวิทยาลัยจึงได้ขอดูผลของการลงคะแนน ของกรรมการสรรหาฯทั้ง 5 ราย มาพิจารณา และได้ลงมติเป็นเสียงส่วนใหญ่ว่า การลงคะแนนของกรรมการสรรหาฯ มีลักษณะไม่ปกติ จึงให้ยุติการพิจารณารายชื่อผู้ที่ได้รับการพิจารณารายชื่อทั้ง 3 ราย จากกรรมการสรรหาฯไว้ก่อน โดยให้นำรายชื่อผู้ที่ได้รับการเสนอชื่อทั้ง 11 ราย มาพิจารณาใหม่อีกครั้งในวันที่ 14 มกราคม 2560 ทั้งนี้ เพื่อให้เกิดความรอบคอบ เป็นธรรมและความเหมาะสมในการได้รายชื่อผู้สมควรดำรงตำแหน่งอธิการบดีทั้ง 3 รายอีกครั้งหนึ่ง จึงอาศัยอำนาจหน้าที่ของกรรมการสภามหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติสภามหาวิทยาลัยนเรศวร พ.ศ.2533 มาตรา 14 ( 11 ) และข้อบังคับมหาวิทยาลัยนเรศวร ว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการสรรหาอธิการบดี ( แก้ไขเพิ่มเติม ) ฉบับที่ 2 พ.ศ. 2560 ข้อ 15 และ ข้อ 16 จึงแต่งตั้ง คณะกรรมการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวร จากกรรมการสภามหาวิทยาลัยนเรศวรทั้งหมดเป็นผู้พิจารณา และได้ออกแนวปฏิบัติและและวิธีดำเนินการให้เหมาะสม โดยเพิ่มข้อบังคับฯฉบับเดิม เป็นข้อ 15 ใหม่ ดังนี้ ข้อ 15 ในกรณีที่เกิดปัญหาในกระบวนการสรรหาและ/หรือ การพิจารณาเลือกผู้สมควรดำรงตำแหน่งอธิการบดี ให้สภามหาวิทยาลัยกำหนดวิธีการดำเนินการสรรหาใหม่ เป็นกรณีพิเศษ ตามที่สภามหาวิทยาลัยเห็นสมควร และให้ปรับข้อ 15 เดิม เป็นข้อ 16 ทั้งนี้ ให้มีผลตั้งแต่วันที่ 8 มกราคม 2560 ลงนามประกาศโดย พลเอกดร.ศิริ ทิวะพันธุ์ อุปนายกสมามหาวิทยาลัยนเรศวร ทำหน้าที่แทนนายกสภามหาวิทยาลัยนเรศวร ประกาศ ณ วันที่ 10 มกราคม 2560
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ศ.ดร.รัตนะ บัวสนธ์ หนึ่งในสาม ที่ได้รับการเสนอชื่อจากกรรมการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวร ได้เขียนบันทึกเปิดผนึก และมีผู้นำมาเผยแพร่ทางโซเซี่ยลมีเดีย ในเพจจับตาเลือกอธิการบดี มน.60 ข้อความอธิบายว่า ทำไม ในวันที่ 8 มกราคม 2560 กระบวนการสรรหาจึงชะงัก โดยศ.ดร.รัตนะ บัวสนธ์ และผู้ที่ได้รับการเสนอชื่ออีก 2 ราย ศ.ดร.ดิเรก ปัทมศิริวัฒน์ และศ.ดร.สมยศ พลับเที่ยงได้เตรียมตัวและรอแสดงวิสัยทัศน์ตามหนังสือเชิญของประธานคณะกรรมการสรรหาฯ ที่ห้องรับรอง ตึกอธิการบดี เวลาประมาณ 11.50 น. ประธานคณะกรรมการสรรหา ได้เดินมาบอกว่า วันนี้ไม่มีการแสดงวิสัยทัศน์ใด ๆ ทั้งสิ้น โดยแจ้งเหตุผลสั้น ๆ ว่า กระบวนการสรรหาผิดปกติ หลังจากรับประทานอาหารแล้ว จึงแยกย้ายกันกลับ
จากนั้น วันที่ 9 มกราคม 2560 ศ.ดร.รัตนะ บัวสนธ์ จึงไปที่ศาลปกครองจังหวัดพิษณุโลก เพื่อร้องขอให้ศาลปกครองคุ้มครองชั่วคราวให้ระงับกระบวนการสรรหาอธิบการบดีม.นเรศวร ในวันที่ 14 มกราคม 2560 และขอให้สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ถอนประกาศ ของสภามหาวิทยาลัยนเรศวรในเรื่องการสรรหาผู้สมควรดำรงตำแหน่งอธิการบดี และประกาศข้อบังคับมหาวิทยาลัยนเรศวรว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการสรรหาอธิการบดี ( แก้ไขเพิ่มเติม) ฉบับที่ 2 พ.ศ.2560
ผู้สื่อข่าวได้โทรศัพท์สอบถาม ศ.ดร.รัตนะ บัวสนธ์ เปิดเผยว่า ได้ไปฟ้องศาลปกครองเพื่อให้คุ้มครองชั่วคราว ยุติการสรรหาอธิการบดีม.นเรศวร ที่จะมีขึ้นในวันที่ 14 มกราคม นี้ เนื่องจากเห็นว่า สภาฯทำผิดกฎข้อบังคับของมหาวิทยาลัย ที่ผ่านมาการ กระบวนการสรรหาอธิการบดี ที่พิจารณาจาก 11 ราย เหลือ ผู้สมควร 3 ราย ก็ได้ประกาศออกไปแล้ว ถ้าไม่ถูกต้องก็ควรดำเนินการในขั้นตอนนั้น ต้องยังไม่ประกาศผู้ได้รับการพิจาณา 3 ราย และกระบวนการสรรหาอธิการบดี ต้องทำตามข้อบังคับของสภามหาวิทยาลัย ที่ผ่านจากกระบวนการสรรหา แล้วนำเสนอให้สภามหาวิทยาลัยพิจารณา แต่ขณะนี้มีการออกข้อบังคับใหม่ ให้สภามหาวิทยาลัยเป็นผู้พิจารณา ซึ่งหลังจากยื่นฟ้องขอความคุ้มครองชั่วคราวจากศาลปกครองแล้ว ตนก็ยังไม่ทราบว่าศาลจะพิจารณาเป็นอย่างไร