วันที่ 4 มิถุนายน 2559 กรมอุตุนิยมวิทยา รายงานสภาพอากาศ บริเวณประเทศไทยมีฝนตกหนักบางพื้นที่ส่วนมากบริเวณจังหวัดเชียงราย พะเยา น่าน อุตรดิตถ์ พิษณุโลก กำแพงเพชร ตาก ระยอง จันทบุรี ตราด ระนอง พังงา และภูเก็ต ขอให้ประชาชนในบริเวณดังกล่าวระวังอันตรายจากฝนตกสะสมในระยะนี้ไว้ด้วย ส่วนกรุงเทพมหานครและปริมณฑลยังคงมีฝนต่อไปได้อีก
ในระยะครึ่งแรกของเดือนมิถุนายน 2559 มรสุมตะวันตกเฉียงใต้ยังคงพัดปกคลุมทะเลอันดามัน ประเทศไทยและอ่าวไทย โดยจะมีกำลังอ่อนเป็นส่วนใหญ่ ประกอบกับร่องความกดอากาศต่ำยังคงพาดผ่านบริเวณตอนใต้ของประเทศจีน ซึ่งจะทำให้บริเวณประเทศไทยมีฝนลดลง และอาจส่งผลให้เกิดสภาวะฝนทิ้งช่วงได้หลายพื้นที่ในตอนบนของประเทศ จากนั้นในช่วงครึ่งหลังของเดือน ร่องความกดอากาศต่ำจะเลื่อนลงมาพาดผ่านภาคเหนือและภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย กับมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ที่พัดปกคลุมทะเลอันดามัน ประเทศไทยและอ่าวไทยจะมีกำลังแรงขึ้น ซึ่งจะทำให้ประเทศไทยมีฝนเพิ่มมากขึ้น กับจะมีฝนตกหนักหลายพื้นที่และหนักมากบางพื้นที่ คาดว่าในเดือนนี้ปริมาณฝนรวมส่วนใหญ่จะใกล้เคียงกับค่าปกติ และมีโอกาสที่ได้รับอิทฺธิพลจากจากพายุหมุนเขตร้อนในทะเลจีนใต้ ส่วนอุณหภูมิเฉลี่ยจะสูงกว่าค่าปกติเล็กน้อย