เวลา09.00 น.วันที่ 16 ธันวาคม 2558 ที่วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร หรือ วัดใหญ่ อ.เมืองพิษณุโลก สถานที่ประกอบพิธีถวายดอกไม้จันทน์ พิธีบำเพ็ญกุศลพระศพสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ได้จัดเตรียมสถานที่สำหรับพิธีถวายดอกไม้จันทน์ของจังหวัดพิษณุโลก ที่จะเริ่มในเวลา 14.00 น. โดยมีนายชูชาติ กีฬาแปง ผู้ว่าราชการจังหวัดพิษณุโลกเป็นประธานในพิธี ขณะนี้ได้จัดเตรียมสถานที่เสร็จเรียบร้อยแล้ว โดยจัดเตรียมพระเมรุจำลอง สำหรับวางดอกไม้จันทน์ไว้ด้านกลางของพิธี ได้จัดตั้งพระรูปสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ไว้ด้านขวาสำหรับให้ประชาชนทั่วไปได้ร่วมกราบ ซึ่งบรรยากาศในภาคเช้า มีชาวพิษณุโลกจำนวนหนึ่ง สวมชุดดำ มารอร่วมพิธีแล้ว ขณะที่ประชาชนและนักท่องเที่ยวจำนวนมากได้เข้ามากราบหน้าพระรูปสมเด็จพระสังฆราชฯ ขณะที่เจ้าหน้าที่ได้ติดตั้งจอขนาดใหญ่ สำหรับถ่ายทอดสัญญาณสดพิธีการที่กรุงเทพฯตลอดเวลา
สำหรับกำหนดการพิธีถวายดอกไม้จันทน์ พิธีบำเพ็ญกุศลพระศพสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ณ วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร หรือ วัดใหญ่ อ.เมืองพิษณุโลก เวลา 14.00 น. ประธานในพิธีเดินทางถึงสถานที่ประกอบพิธี เจ้าหน้าที่นิมนต์พระสงฆ์ 10 รูปขึ้นอาสนะ ประธานจุดธูปบูชาพระรัตนตรัย จุดธูปเทียนเครื่องทองน้อย เบื้องหน้าพระรูปฯ พระสงฆ์สวดพระพุทธมนต์ พระสงฆ์แสดงธรรมเทศนา ประธานกรวดน้ำถวายอุทิศเป็นพระกุศล เวลา 16.30 น. พลังจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ และสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถเสด็จพระราชดำเนินขึ้นพระเมรุ พระราชทานเพลิงศพแล้ว ที่พิษณุโลก ประธานในพิธี ทอดผ้าไตรบังสกุลจำนวน 3 ไตร หน้าพระรูปฯ ประธานในพิธีไปยังซุ้มดอกไม้จันทน์ นำคณะข้าราชการ และประชาชนถวายดอกไม้จันทน์ ( โดยดูจากการถ่ายทอดงานโทรทัศน์พิธีพระราชทานเพลิงศพในส่วนกลาง ) เวลา 18.30 น. การจัดแสดงมหรสพสมโภชงานออกพระเมรุ ตามความเหมาะสม ( จากมหาวิทยาลัยราชภัฏพิบูลสงคราม ) เวลา 20.00 น. หลังจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ และสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชทานเพลิงพระศพ ( จริง ) แล้ว ประธานในพิธีนำคณะข้าราชการและประชาชนนำดอกไม้จันทน์เข้าเผาตามจุดที่กำหนดไว้ ( โดยดูจากการถ่ายทอดทางโทรทัศน์จากส่วนกลาง ) พระสงฆ์ 16 รูป 4 ทิศสวดพระอภิธรรม
ทั้งนี้ จังหวัดพิษณุโลก ได้กำหนดให้มีการประกอบพิธีถวายดอกไม้จันทน์ ในการประกอบพิธีบำเพ็ญกุศล พระศพสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ตามวัดต่างๆใน 9 อำเภอ ประกอบด้วย อ.เมือง ที่วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร อ.วังทอง ที่วัดวังทองวราราม , อ.บางระกำ ที่วัดสุนทรประดิษฐ์ อ.บางกระทุ่ม ที่วัดกำแพงมณี อ.พรหมพิราม ที่วัดใหม่พรหมพิราม อ.วัดโบสถ์ ที่วัดท่างาม อ.ชาติตระการ ที่วัดโพนไทรงาม อ.นครไทย ที่วัดบ้านพร้าว และที่ อ.เนินมะปราง ที่วัดศรีมงคล