วัดนางพญา สันนิษฐานว่า ผู้สร้างพระนางพญาคือ พระวิสุทธิกษัตรีย์ พระ มเหสีของพระมหาธรรมราชา และทรงเป็นพระราชมารดาของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช พระองค์ทรงสร้างพระนางพญาขึ้นในคราวบูรณปฏิสังขรณ์วัดราชบูรณะ ราวปี พ.ศ. 2090 – 2100 
ขณะนั้นพิษณุโลกเป็นเมืองลูกหลวง และพระองค์ดำรงพระอิสริยยศเป็นแม่เมืองสองแคว และพระมหาธรรมราชาทรงพระอิสริยยศที่ พระอุปราช แห่งแผ่นดินพระมหาจักรพรรดิ กรุงศรีอยุธยา พื้นที่ติดกับวัด พระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร (วัดใหญ่) โดยมีถนนจ่าการบุญคั่นกลาง นอกจากนั้นอยู่ติดกับวัดราชบูรณะ แต่ปัจจุบันถนนสายมิตรภาพตัดผ่าน ทำให้วัดนางพญากับวัดราชบูรณะ ตั้งอยู่คนละฝั่งถนน ได้ขึ้นทะเบียนโบราณสถาน ในวันที่ 27 กันยายน 2479 เฉพาะวิหาร ปัจจุบันเป็นอุโบสถ และเจดีย์ย่อมุมไม้สิบ 2 องค์
สำหรับประวัติวัดนางพญา สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์เมื่อ 13 พฤษภาคม ร.ศ. 120 (พ.ศ. 2444) ความว่า ออกจากศาลาการเปรียญไปวัดนางพญาดูระฆังใหญ่ปากกว้างประมาณ 2 ศอก เป็นระฆังญวนทำด้วยเหล็ก แล้วไปดูวิหาร เล็กกว่า วัดราชบูรณะหน่อยหนึ่ง นอกจากนี้พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินยังวัดนางพญาเมื่อ 16 ตุลาคม ร.ศ. 120 (พ.ศ. 2444) เมื่อเสร็จการจุดเทียนชัยแล้ว ไปดูวัดนางพระยา ซึ่งอยู่ติดต่อกับวัดมหาธาตุวรมหาวิหาร (วัดใหญ่)
ด้านหลังพระอุโบสถ มีเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสององค์ใหญ่ มีขนาดฐานกว้าง 9.10+9.10 เมตร สูง 11.60 เมตร ยังปรากฏชั้นฐานแข้งสิงห์อยู่สองชั้น สภาพค่อนข้างชำรุดทรุดโทรม ลักษณะศิลปะอยุธยาตอนปลายต่อรัตนโกสินทร์ตอนต้น ส่วนเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสิงเล็ก มีขนาดฐานกว้าง 3.70+3.70 เมตร สูง 7.95 เมตร ยังปรากฏฐานแข้งสิงห์รองรับองค์ระฆังอยู่และบัวกลุ่มด้านบนยอดเหนือชั้นบังลังก์ขึ้น สภาพคอนข้างชำรุดแตกหักไม่ต่างกัน
วัดนางพญาแห่งเดิมทีไม่มีพระอุโบสถ จะมีเพียงแต่พระวิหารเป็นอาคารก่ออิฐถือปูนบบทรงโรง มี 6 ห้องสถาปัตยกรรมศิลปะสมัยสุโขทัย มีพระพุทธรูปประธานเป็นปูนปั้น ศิลปะสุโขทัย ฝาผนังด้านหลังเขียนภาพไตรภูมิ ส่วนฝาผนังด้านหน้าเขียนภาพพระพุทธประวัติ 
จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2515 พระครูบวร ชินรัตน์ (ม้วน) เจ้าอาวาสวัดนางพญาได้บูรณะแปลงพระวิหารหลังนี้ให้เป็นพระอุโบสถ โดยการก่อสร้างขึ้นใหม่หมดทั้งหลัง กว้าง 10.50 เมตร ยาว 20 เมตร ทำให้ไม่สามารถที่จะศึกษาสภาพของพระวิหารโบราณหลังเดิมได้เลย พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลปัจจุบันพระราชทานพระฤกษ์การสร้างอุโบสถ ณ วันพุธที่ 19 มกราคม พ.ศ.2521 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาวันที่ 24 มกราคม พ.ศ.2506 
ส่วนการขุดพบในกรุครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2444 พระพิมพ์นางพญาถูกบรรจุไว้บนหอระฆังของเจดีย์ ซึ่งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกของวัด ต่อมาเมื่อเจดีย์หักพังลงมา พระนางพญา จึงตกลงมาปะปนกับซากเจดีย์ และกระจายทั่วไปในบริเวณวัด ซึ่งเป็นปีที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จเมืองพิษณุโลก เพื่อทอดพระเนตรการหล่อพระพุทธชินราชจำลอง และศาลาเล็กที่สร้างไว้เพื่อรับเสด็จ การพบกรุพระนางพญาดังกล่าว ได้มีการนำทูลเล้าฯ ถวาย ส่วนหนึ่งนำกลับไปที่กรุงเทพ แต่ยังเหลืออยู่ที่วัดอีกจำนวนมาก และใน พ.ศ. 2497 มีการพบกรุวัดนางพญาตรงซากปรักหักพังหน้ากุฏิสมภารถนอม เจ้าอาวาส ขณะขุดหลุมเสามีพระพิมพ์นางพญาจำนวนมาก แต่ผู้คนไม่ได้เก็บไปเป็นของตัวเอง ถูกทิ้งไว้ภายในวัดเหมือนเดิม แต่ภายหลังมีผู้คนเก็บไปเป็นสมบัติของตัวเองจนหมด เพราะเห็นเป็นพระเก่า
พระพิมพ์นางพญา เป็นพระเนื้อดินเผา มีชื่อเสียงโด่งดัง ซึ่งถูกจัดอยู่ในชุด “เบญจภาคี” พระนางพญากำเนิดที่ “วัดนางพญา” พิษณุโลกความจริงวัดนางพญาก็เป็นวัดที่มีพื้นที่ติดกับ “วัดราชบูรณะ ต่อมาภายหลังได้สร้างถนนมิตรภาพผ่ากลางเลยกลางทำให้วัดทั้งสองสองวัดแยกจากกัน
ส่วนการค้นพบพระนางพญาในยุคหลังประมาณ พ.ศ.2470 องค์พระเจดีย์ด้านตะวันออก ของวัดนางพญาได้พังลง เจ้าอาวาสในยุคนั้นคือ พระอธิการถนอม ได้ให้ชาวบ้าน และพระเณรช่วยกันขนเอาดิน และเศษอิฐ เศษปูน จากซากเจดีย์ล่มนั้นมาถมคูน้ำ ต่อมาอีกหลายปีกลายเป็นดงกล้วย เมื่อเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 ในปี พ.ศ.2485 ชาวบ้านได้หนีภัยสงคราม เข้าไปหลบอยู่ในดงกล้วย และได้ทำการขุดหลุมหลบภัย จึงพบพระพญากระจายตัวจมอยู่ใต้พื้นดิน และการพบกรุพระนางพญาครั้งสุดท้ายพบที่วัดราชบูรณะ จังหวัดพิษณุโลก อีกครั้ง เมื่อมีการทำท่อระบายน้ำ ในบริเวณวัดประมาณปี พ.ศ.2532
จากข้อสันนิฐาน พระนางพญา ผู้ที่สร้างคือ “พระวิสุทธิกษัตรี” มเหสีของ “สมเด็จพระมหาธรรมราชา” ผู้ที่ได้สร้างหรือปฏิสังขรณ์วัดราชบูรณะ ซึ่งเป็นบริเวณที่พบพระนางพญานั่นเอง เข้าใจว่าการสร้างพระนางพญานั้นประมาณปี พ.ศ. 2090 – 2100 หรือประมาณสี่ร้อยกว่าปี พระนางพญา เป็นพระรูปทรงสามเหลี่ยมทุกพิมพ์นั่งมารวิชัยไม่ประทับบนอาสนะหรือมีฐานรองรับ รูปทรงงดงามแทบทุกพิมพ์โดยเฉพาะจะเน้นบริเวณอกที่ตั้งนูนเด่นและลำแขนทอดอ่อนช้อยคล้ายกับ “ผู้หญิง” จึงเรียกพระพิมพ์นี้ว่าพระพิมพ์ “นางพญา” อีกประการหนึ่งก็คือผู้ที่สร้างก็คือ “พระวิสุทธิกษัตรี” นั่นเอง
ลักษณะของพระนางพญา พระส่วนใหญ่จะมีเนื้อหยาบ ที่ละเอียดอ่อนจะมีน้อยกว่ามาก มีทั้งหมด 7 พิมพ์ด้วยกัน คือ
1. พิมพ์เข่าโค้ง ถือเป็นพิมพ์ใหญ่พิมพ์หนึ่ง
2. พิมพ์เข่าตรง ถือเป็นพิมพ์ใหญ่ โดยเฉพาะพิมพ์เข่าตรง แยกออกเป็น 2 พิมพ์ด้วยกัน คือ พิมพ์เข่าตรง “ธรรมดา” กับพิมพ์เข่าตรง “มือตกเข่า” แต่ทั้งสองพิมพ์ถือว่าอยู่ในความนิยมเหมือนกันทั้งคู่ 
3. พิมพ์อกนูนใหญ่ ถือเป็นพิมพ์ใหญ่
4. พิมพ์สังฆาฏิ ถือเป็นพิมพ์กลาง
5. พิมพ์อกแฟบ (หรือพิมพ์เทวดา) ถือเป็นพิมพ์เล็ก
6. พิมพ์อกนูนเล็ก ถือเป็นพิมพ์เล็ก
7.พิมพ์พิเศษ เช่น พิมพ์เข่าบ่วง หรือพิมพ์ใหญ่พิเศษ
พระนางพญา ลักษณะของเนื้อจะเหมือนกันหมด ผิดกันแต่พิมพ์ทรงเท่านั้น ส่วนทางด้านพุทธคุณนั้นยอดเยี่ยมทางด้านเมตตามหานิยม และแคล้วคลาดเป็นเลิศ สมกับเป็นหนึ่งในห้าชุดของชุดเบญจภาคีนั้นเอง เป็นพระดินเผาที่มีเนื้อหยาบที่สุดในบรรดาพระเนื้อดินชุดเบญจภาคี อีกทั้งยังฝังจมดิน ซึ่งเป็นดินเหนียวริมน้ำเป็นเวลานานนับร้อยปี เนื้อพระจึงรักษาสภาพความแกร่งไว้ได้เป็นอย่างดี จุดเด่นของเนื้อพระนางพญา คือ มวลดินประเภทเม็ดทรายที่แทรกปนอยู่ในเนื้อเป็นจำนวนมากเรียกกันว่าเม็ดแร่ ขนาดสัณฐานของเม็ดทรายจะต้องใกล้เคียงกันทั่วองค์พระ เพราะเป็นเนื้อที่ผ่านการกรองมาแล้ว