เมื่อเวลา 17.40 น.วันที่ 12 ก.ค. 2556 ร.ต.อ.นพดล ไม้งาม ร้อยเวรสถานีตำรวจย่อยมหาวิทยาลัยนเรศวร อ.เมือง จ.พิษณุโลก รับแจ้งเหตุยิงกันมีผู้เสียชีวิตภายในโรงเรียน วัดศรีรัตนาราม (วัดจูงนาง) หมู่ 4 ต.ท่าทอง อ.เมืองพิษณุโลก หลังรับแจ้งจึงรายงานให้ผู้บังคับบัญชาทราบตามลำดับพร้อมรุดไปตรวจสอบที่เกิดเหตุพร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ตำรวจกองพิสูจน์หลักฐาน 6 พิษณุโลก แพทย์เวรโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร เจ้าหน้ากู้ภัยข่าวภาพที่เกิดเหตุอยู่บนศาลาพักผ่อนภายในโรงเรียน วัดศรีรัตนาราม (วัดจูงนาง) พบศพผู้เสียชีวิตทราบชื่อต่อมาคือนายมรกต กล่ำฟัก อายุ 21 ปี อยู่บ้านเลขที่ 1/6 หมู่ 5 ต.ท่าทอง อ.เมืองพิษณุโลก อยู่ในสภาพนั่งกับพื้นศาลาหลังพิงขอบที่นั่ง ผู้ตายสวมเสื้อยืดแขนสั้นสีขาว กางเกงขาสั้นลายดอกสีฟ้า จากการชันสูตรในเบื้องต้นมีบาดแผลถูกยิงด้วยอาวุธปืนไม่ทราบขนาดเข้าที่โหนกแก้มขวาทะลุท้ายทอยจำนวน 1 นัด ใกล้กับพบรถจักรยานยนต์ยี่ห้อฮอนด้ารุนเวฟ 100 สีดำ ทะเบียน ขฉก-100 พิษณุโลก ซึ่งเป็นของผู้ตายจอดอยู่ใกล้เคียงที่เกิดเหตุ ส่วนคนร้ายที่ลงมือก่อเหตุเป็นชายอายุ ประมาณ 35-40 ปี รูปร่างสัดทัด สวมหมวกไอ้โม่งปิดบังใบหน้า นอกจากนี้ยังมีคนร้ายอีกสองคนจอดรถยนต์นิสสันรุ่นนาวาร่าสีดำ ติดเครื่องรออยู่นอกกำแพงโรงเรียนหลังก่อเหตุได้หลบหนีไม่ทราบทิศทาง
จากการสอบสวนนายปิ่น มาลัยทิพย์ อายุ 20 ปี อยู่บ้านเลขที่ 183/2 หมู่ 8 ต.ท่าทอง อ.เมืองพิษณุโลก เพื่อนของผู้ตายให้การว่า ผู้ตายกำลังเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายอยู่ที่โรงเรียน กศน.ภายใน ต.ท่าทอง ก่อนเกิดเหตุตนเองพร้อมกับผู้ตายและเพื่อนทั้งหมด 9 คน ได้ขับรถจักรยานยนต์เล่นรอบหมู่บ้านก่อนจะมาแวะจอดนั่งเล่นอยู่ที่ศาลาภายในโรงเรียนเป็นประจำ ก่อนเกิดเหตุได้มีคนร้ายจำนวน 3 คน ขับรถยนต์กระบะยี่ห้อนิสสันมาจอดบริเวณข้างกำแพงโรงเรียนห่างจากจุดที่พวกตนเองนั่งประมาณ 30 เมตร จากนั้นหนึ่งในคนร้ายซึ่งสวมหมวกไอ้โม่งปิดบังใบหน้าได้เดินลงมาจากรถและเดินทางทางกลุ่มที่ตนเองนั่งอยู่แต่คนร้ายได้ลื่นล้ม เนื่องจากพื้นลื่นก่อนที่คนร้ายจะลุกขึ้นมาและชักอาวุธปืนจ่อมาที่ตนเองและถามชื่อใครชื่อสม ตนเองได้ตอบไปว่าตนเองชื่อปิ่น ก่อนที่คนร้ายจะหันปากกระบอกปืนไปทางคนตายและถามว่ามึงชื่ออะไร โดยคนตายได้ตอบไปว่าตนเองชื่อตาม จากนั้นเหตุการณ์ไม่คาดคิดคนร้ายได้เหนี่ยวไปปืนยิงใส่ผู้ตายจำนวน 1 นัดแต่กระสุนไม่ทำงาน คนร้ายจึงได้ยิงซ้ำอีก 1 นัดกระสุนพุ่งเจาะเข้าที่ใบหน้า จนร่างล้มทรุดกองกับพื้น ส่วนพวกตนเองได้วิ่งกระโดดหนีคนละทิศละทาง จากนั้นก็มีเสียงปืนดังขึ้นอีก 1 ครั้งก่อนที่คนร้ายจะเดินกลับไปขึ้นรถอย่างใจเย็น
จากการสันนิษฐานของเจ้าหน้าที่ตำรวจในเบื้องต้นคนร้ายที่ลงมือก่อเหตุน่าจะมีเรืองทะเลาะวิวาทกับคนตายมาก่อนหรือคนตายอาจไปอาจเข้าไปเกี่ยวข้องกับธุรกิจที่ไม่สามารถเปิดเผยได้และมีการหักหลังกันเองจึงได้ตามมาก่อเหตุใช้อาวุธปืนยิงจนเสียชีวิตดังกล่าว ซึ่งทางเจ้าหน้าที่ตำรวจจะเร่งติดตามคนร้ายรายนี้มาดำเนินคดีตามกฎหมายโดยเร็ว