วันที่ 20 สิงหาคม 2554 ปริมาณน้ำในแม่น้ำน่านที่เพิ่มระดับสูงที่ 10.10 เมตร ตลอดเดือนสิงหาคม ได้ส่งผลกระทบต่อการบูรณะแนวกำแพงเมืองโบราณเมืองสองแคว ที่ติดแม่น้ำน่านทิศตะวันออกบริเวณชุมชนวัดน้อย ความแรงของแม่น้ำน่านได้เกาะเซาะตลิ่งและแนวกำแพงเมืองได้รับความเสียหาย 2 จุด แต่ละจุดถูกน้ำกัดเซาะร่วม 10-15 เมตร จนท.เทศบาลนครพิษณุโลก ได้นำกระสอบทรายไปกั้นบริเวณริมตลิ่ง ป้องกันน้ำไหลเข้าท่วมบ้านเรือนชุมชนวัดน้อย
ชาวบ้านชุมชนวัดน้อยที่อยู่ติดกับแนวกำแพงเมืองโบราณ เผยว่า แม่น้ำน่านขึ้นสูงมาก จนเกือบจะล้นตลิ่ง แต่ยังไม่เท่าปี 2538 ที่น้ำไหลจนล้นตลิ่ง แต่ชาวบ้านก็ต้องเฝ้าระวังจุดที่แนวกำแพงเมืองถูกน้ำกัดเซาะจนพัง เนื่องจากน้ำมีความแรงมาก และไหลซึมกระสอบทรายเข้าไปท่วมบริเวณบ้าน เทศบาลได้ส่งจนท.มาช่วยเสริมกระสอบทรายและตั้งเครื่องสูบน้ำในตัวบ้านออกให้
ขณะที่ผู้รับเหมาก่อสร้าง ยังคงดำเนินการบูรณะแนวกำแพงเมืองโบราณในส่วนที่ไม่ได้รับผลกระทบ โดยเร่งนำเศษอิฐโบราณและอิฐใหม่ มาก่อเป็นแนวกำแพงเมืองโบราณ ตามฐานเดิม ในแนวกว้าง 5 เมตร ยาวประมาณ 350 เมตร ขณะที่ส่วนที่ได้รับผลกระทบจากแม่น้ำน่าน คิดเป็นความยาวประมาณ 50 เมตร ผู้รับเหมาบูรณะต้องรอให้น้ำลดระดับลง และต้องตอกเสาเข็มริมแม่น้ำน่านเพื่อป้องกันการพังทลาย
การค้นพบแนวกำแพงเมืองโบราณบริเวณชุมชนวัดน้อย เกิดขึ้นเมื่อตุลาคม 2553 เทศบาลนครพิษณุโลก มีโครงการจะก่อสร้างถนนเลียบริมตลิ่งตลอดแนวต่อจากหน้าวัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร-วัดโพธิญาณ เพื่อเป็นเส้นทางสัญจรให้พี่น้องประชาชน รวมถึงเป็นสถานที่พักผ่อน ออกกำลังกายในอนาคต แต่จากการเข้าไปดำเนินการพบว่า มีแนวกำแพงโบราณเมืองพิษณุโลก อายุกว่า 400ปี ทอดตัวอยู่เทศบาลฯ จึงอนุมัติงบประมาณให้สำนักศิลปากรที่ 6จำนวน 5 ล้านบาท เข้ามาทำการขุดค้นจนนำไปสู่การค้นพบแนวกำแพงเมืองโบราณดังกล่าว ทำให้วันนี้การก่อสร้างเขื่อนป้องกันตลิ่งถนนพุทธบูชา ต้องมีการปรับเปลี่ยน จากเดิมจะเป็นการสร้างถนน เป็นการสร้างแนวกำแพงอนุรักษ์เพิ่มทางเดินเท้าเพื่อส่งเสริมการท่องเที่ยว เหมือนกับโบราณสถานจังหวัดอยุธยา นำไปสู่การท่องเที่ยวเชิงประวัติศาสตร์เชื่อมกับพระราชวังวังจันทน์ ที่อยู่ฝั่งตรงข้าม และสนับสนุนวิถีชุมชนโดยรอบเข้ามามีส่วนร่วม สำหรับเขื่อนจะต้องไม่สูงบดบังกำแพงเมือง เพื่อให้สอดรับกับการอนุรักษ์โบราณสถานและพัฒนาให้เป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่สำคัญของเมืองพิษณุโลกต่อไป
แนวกำแพงโบราณของเมืองพิษณุโลก ที่ขุดค้นพบสำนักศิลปากรที่ 6สุโขทัย ระบุว่า สร้างขึ้นในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนารถ เป็นแนวกำแพงรอบนอกที่ก่อสร้างไว้ป้องกันข้าศึก มีความกว้าง 5เมตร และสูงประมาณ 5เมตร จุดที่ขุดพบมีความยาว 330เมตรทอดตัวยาวอยู่ติดริมแม่น้ำน่านฝั่งตะวันออก ในอดีตระยะห่างของแนวกำแพงเมืองจุดนี้ จากแม่น้ำน่านกับตัวกำแพง สันนิษฐานว่าน่าจะอยู่ที่ประมาณ 50เมตรเป็นอย่างน้อย แต่ลำน้ำได้เกาะเซาะและเปลี่ยนทิศทางจนมาชิดแนวกำแพงเมืองในปัจจุบัน